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揭秘共生微生物致病路徑

《Nature》人類微生物組計畫 二階結果公布

2017/10/03 整理/編輯部

Flora-bakteryjna

近日(20日)刊登於《Nature》的一篇研究,公布了1600多組人類微生物基因定序結果。此研究由哈佛大學生物統計系發表,分析人類各部位微生物相(microbiota),探討微生物對人類健康的影響。

2008年,美國國家衛生研究院(NIH)投注了1.15億美元,完成了為期五年(2008~2012)的人類微生物體計畫(Human Microbiome Project, HMP)第一階段研究。該階段研究人體腸道、口腔、皮膚、鼻腔、生殖道中共生的微生物,希望能識別健康人和病人之間的微生物相差異。結果發現,微生物的某些蛋白質與代謝物,的確和特定疾病相關。

於是,第二階段研究(2013~2016)繼續展開,探討特定微生物透過什麼樣的路徑影響著人類健康。分析的目標包括傾向早產的孕婦、炎症性腸病(inflammatory bowel disease)為主的腸道疾病患者、病毒性呼吸道感染患者、及第二型糖尿病患者。

研究團隊對265名個體,多個身體部位、不同時間點採集1631個樣本,取得了2355個基因體數據,利用StrainPhlAn計算工具分析基因體的穩定性和多樣性。研究發現,隨著時間的變化,整個基因體圖譜保持一致,表示個體在不同時間點表現差異,小於個體與個體間的差異;也發現某些微生物習性,傾向聚集在特定部位或結伴出現,和生理狀態有一定的關聯;研究整理了各部位微生物在不同時間點的群落動態;分析微生物的某些核心分子功能,發現了許多關鍵的致病路徑。

研究者表示,微生物相是非常複雜的一門研究,這項結果是一個很大的進步,但還有非常多尚未解開的謎團。

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