2016年02月18日 星期四 23:57:08

掌握大中華市場脈動.亞洲專業華文生技產業月刊

Industry | 產業 2019年 Vol. 60

第三屆亞洲微生物體趨勢論壇

疾病、健康、微生物體學交織 帶動下一波生技新未來

撰文/彭梓涵、李林璦、薛瀹熢 攝影/林嘉慶

 

宿主基因型影響菌相多樣性

近年,許多研究指出腸道菌會引起某些疾病的發生,以益生菌作為治療,其療效也有各種爭議。

中國科學院微生物所王軍教授以「跨越不同尺度進行菌群的結構和功能研究」為題,分享他在歐洲做微生物生態的研究。

王軍教授表示,社會中越來越多的人有頻繁的過敏反應,他從中發現一些現象,但很難從人群中做分析,即使已知道許多影響因子,但還是有80%屬於未知,而其中一個最重要的關鍵,就是微生物宿主本身的基因型會影響菌相的多樣性。

他期望透過新技術進行微生物體研究,實現更高分辨率和了解更深層的生物學意義,並通過新穎的分析,降低偽陽性、偽陰性檢測數據,提高相關數據分析的效率與準確度。

 

糞便基因檢驗與直腸癌診斷

國泰醫院黃紀榕博士則分享直腸結腸癌(CRC)發生過程中,腸道微生物群與宿主間代謝作用與基因表現的變化,黃紀榕博士希望能早期偵測直腸結腸癌的發生,因此,他也假設來自人類糞便的基因可能對腸道的真實狀態有反應。

他以糞便作為直腸結腸癌診斷的取樣檢體,指出使用糞便作為檢體的十大優勢,包括便利性、不受年齡限制、不需麻醉、專一性提高、不必禁食禁水、無放射性、孕婦可使用、可用於遺傳性家族大範圍評估、術後追蹤、以及化療追蹤等。

黃紀榕博士除了用糞檢做直腸結腸癌檢測,也從糞檢中發現一些表現較高的基因與化療抗性有關,其中PLAC8基因的表現偏高時,轉移、復發的機會也會變高。他也表示,隨著年紀增長,腸道菌項會趨於穩定,但腸道內產生發炎或是癌症發生時,菌相就有所改變。

 

醫生與民眾認知有落差

長庚醫院錢政弘醫師以腸胃科醫師的觀點分享臨床使用益生菌的經驗,他表示基礎研究和臨床研究無非是希望能對臨床上有幫助和應用,但民眾對微生物體學的認識有限。

錢醫師在一份國人最困擾毛病Top10調查中指出,研究認為,除了肩頸痠腰背痛、眼睛疾病外,大部分毛病與腸道菌相有關,他也進一步指出,國人十大癌症排名也有研究指出與腸道菌相相關,因此國人更應了解腸道菌相的重要。

因此,他特別做了益生菌的相關問卷調查,對象為健康者、腸道疾病患者、以及醫生。結果表示,國內超過六成民眾曾使用益生菌,民眾有意願了解益生菌與腸道菌相的相關資訊,但部分醫生對這領域較不熟悉,因此造成服用觀念上的落差,顯然地,醫師的醫療行為可能還不夠完善。

 

 

產業_2018微生物論壇2

國內外微生物體學專家齊聚探討微生物研究未來發展的機會與動能。

 

總體基因體學挖掘微生物暗物質

大數據時代來臨,生物資訊(Bioinformatics)熱潮再起,隨著各種高通量定序系統(High throughput Sequencing)技術不斷提升,微生物的基因體研究也迅速發展。

香港中文大學黃憲達教授分享如何應用長序列讀長(Long Read)和短序列讀長(Short Read)定序在生物醫學研究與應用,他也比較Illumina、Thermo Fisher、Pacific Biosciences、Oxford Nanopore四種定序平台,並分析長讀、短讀的優缺點,結果顯示,雖然長讀可以讀到基因較大範圍但品質較差,短讀則相反。

他也強調,做生物資訊甚麼武器都要有,甚麼武器都要會使用,才能補足長、短讀的不足。

臺北醫學大學助理教授吳育瑋博士論述如何從總體基因體(Metagenomics)中重建基因體,以分析環境中和臨床上微生物的各別物種,以及利用總體基因體來了解微生物與周圍環境的關係。

目前人類推算出世界上擁有1012種微生物,但在NCBI公開資料庫,微生物基因體僅約18萬個,相較之下,科學家對微生物的認知只有0.00001%。因此,在微生物研究上也出現了微生物暗物質(Microbial Dark Matter)。

他表示,微生物的基因體研究通常從養菌開始,而許多菌由於未知生長條件,很難培養放大,因此會出現微生物暗物質。2015年起,科學家就呼籲不要養菌,直接用總體基因體定序來彌補無法養菌問題。

圖爾思微生物體研究中心技術長郭育倫博士以多元技術與不同體學,進行更深入的綜合討論。郭博士表示,近十年,許多關聯性分析皆指出疾病和腸道菌有關,因此科學家試圖從大數據中進一步找出菌株層級(Strain Level),再透過功能層面與多體學,找到疾病與腸道菌的因果關係。

他也比較16S rRNA 與總體基因體學(Shotgun Metagenomics)定序在微生物分類與鑑定上的差異。郭博士強調,在同一個細菌物種上,若基因拷貝數變化很大時,對功能的影響也很大,不同的變異將造成不同的疾病,可見探討菌株層級的重要性。

郭育倫博士總結表示,人類微生物體是一個複雜的生態系統,使用多種體學技術,包含總體基因體學、代謝體學、蛋白質體學和宿主基因表現等體學技術的組合來理解微生物體與疾病的關聯和其作用,仍然具有挑戰性。

 

臺灣建立《微菌叢植入治療特管辦法》

臺灣微菌聯盟會長、臺北榮民總醫院吳俊穎教授表示,在國際間尚沒有將微菌叢植入治療(FMT)定義為藥物或療法的共識。美國FDA是將FMT當作新藥來監管,但由於臨床研究發現,以FMT治療反覆性或常規治療無效的困難梭狀芽孢桿菌感染(Clostridium Difficile Infection, CDI)的功效極佳,因此該項治療可走非IND途徑;而澳洲則是將FMT當作生物製劑來進行管制。

而臺灣在國家衛生研究院、臺灣消化系醫學會、臺灣感染症醫學會、臺灣微菌聯盟等多個醫界團體,數次與衛福部商討後,建立《微菌叢植入治療特管辦法》。

將依照《醫療法》第62條有條件的開放為常規醫療,適應症為反覆性或常規治療無效的困難梭菌感染(CDI),且必須建立在臨床醫師判斷上,技術員與施行人員須分別進行四小時及六小時的教育訓練,FMT植入方式可以胃鏡、大腸鏡、灌腸或經口服抗酸膠囊等方式進行。

植入物的製備也規定須在教學醫院中具備生物安全等級第二級以上的實驗室,並經過檢疫;同時十分重視微菌叢植入後的追蹤,病患必須進行全國性的登錄。未來,在其他適應症之應用上,將依《人體試驗管理辦法》施行人體試驗,並以新醫療技術審查。

 

建立標準FMT系統

至於FMT在中國的發展,南京醫科大學的崔伯塔博士表示,全球在糞菌移植的研究結果,有些有效、有些無效,主要原因是沒有建立一套標準的FMT系統。

因此,崔博士於南京醫科大學建立了一套包含捐贈者選擇、受贈者準備、糞菌製備、移植途徑、移植頻率與次數以及術後追蹤的FMT系統,並以智慧生產設備方式進行糞菌製備,以避免人工操作的錯誤產生,將不良事件發生率從21.7%降至8.7%。

同時,在139例CDI患者接受184次FMT治療後,持續追蹤長達1年,發現在移植後一個月內僅13.6%發生輕度不良事件,移植1個月後無不良事件發生。

崔伯塔博士表示,未來,將朝以FMT改善腸道菌相對於腫瘤化療與免疫治療的療效改善為新研究方向。

 

 

繼續閱讀|31

文章分類 產業風雲 標籤: , , ,

發表迴響

Copyright© 2019 環球生技投資股份有限公司. All rights reserved.

讀者服務電話:(02)2726-1065  時間:週一 ~ 週五 9:00 ~ 18:00

服務信箱:service@gbimonthly.com

地址:110臺北市信義區松德路161號2樓之3, Taiwan